随着表观遗传学研究的深入，近年来，越来越多的研究者将目光聚焦于染色质可及性与蛋白-DNA互作的精细调控机制。在此背景下，CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技术因其低背景、高灵敏度和低细胞需求等优势成为替代ChIP-seq的选择。然而，研究CUT&Tag技术的优缺点是是对CUT&Tag技术全面分析的重要基础。

一、CUT&Tag含义

CUT&Tag是一种新型表观组学技术，通过将融合有Protein A/G的Tn5转座酶（pA-Tn5）定位到抗体识别的染色质结合区域，实现原位DNA切割与接头连接。该方法整合了ChIP-seq的靶向富集能力与ATAC-seq的建库效率，极大提高了实验通量和数据质量，尤其适用于低细胞量、单细胞及临床稀有样本。

二、CUT&Tag技术的主要优点

1、极低背景，信噪比高

CUT&Tag在活细胞或轻度通透化细胞中进行，不需甲醛交联和超声打断，极大降低了非特异性结合与背景噪音。实际测序中，>90%的reads通常能富集于靶向区域，显著优于传统ChIP-seq。

2、对细胞数量需求极低

即使只有几千个细胞（甚至单细胞），CUT&Tag依然可以完成有效建库和高质量测序，特别适合于肿瘤微环境中的稀有细胞亚群、类器官、早期胚胎等难以获取的大样本量条件。

3、实验流程简单、周期短

从细胞处理到文库建库，可在一天内完成，流程中无需繁琐的染色质剪切、免疫沉淀与DNA纯化步骤，整体操作更为高效稳定。

4、文库富集度高，分辨率更精细

CUT&Tag产生的片段分布集中、长度均一，分辨率常可达单核小体或亚核小体级别（<10bp），尤其适合分析组蛋白修饰或转录因子在启动子、增强子等关键区域的精准分布。

5、成本更低，重复性更高

由于流程优化和酶活精确控制，CUT&Tag可使用较少试剂和测序数据达到更高的实验效果，大幅降低了单位样本成本。同时样本间变异性小，重复性强，适合大规模表观图谱构建。

三、CUT&Tag技术的缺点

尽管CUT&Tag技术优势显著，但在应用过程中仍存在一些技术挑战和适用限制，科研人员在设计实验时需合理权衡。

1、对抗体质量依赖较大

由于CUT&Tag不使用交联固定，染色质构象更接近天然状态，抗体的亲和力与特异性将直接影响靶向结合的效率和背景水平。推荐选择已验证用于CUT&Tag的高品质抗体。

2、不适用于强交联或固定组织样本

CUT&Tag更适用于新鲜或冷冻细胞样本，对FFPE组织、强交联染色质的适应性较差。如研究对象为临床病理样本，可考虑ChIP-seq或CUT&RUN等方法。

3、Tn5插入存在一定偏好性

虽然改良型Tn5转座酶极大提升了插入效率与覆盖均一性，但仍可能在部分序列区域存在非随机插入偏好，需要在分析时进行算法校正。

4、数据分析尚无统一标准

CUT&Tag数据虽可借助ChIP-seq分析工具进行处理，但在峰值调用、去背景算法、样本间归一化等环节尚缺乏统一分析流程，需结合实验目标进行定制优化。

四、CUT&Tag适用与不适用的研究场景对比

五、百泰派克生物科技：高质量CUT&Tag服务提供者

作为多组学平台的专业服务商，百泰派克生物科技已建立完善的CUT&Tag标准化流程与数据分析体系，服务涵盖：

1、多种靶标抗体预验证，覆盖组蛋白修饰与转录因子

2、低细胞量建库平台，单细胞级别起步

3、专属数据分析流程，支持ChIP-seq兼容比对、差异分析、motif挖掘

4、可一站式整合转录组、ATAC-seq、甲基化等多组学结果

如果您的研究聚焦于精细定位染色质修饰位点、稀有细胞群分析、快速建库等需求，CUT&Tag无疑是当前最佳选择之一。但对于交联样本或极为复杂的组织体系，仍建议根据具体实验条件评估技术适配性。如您对CUT&Tag应用有更多疑问，或希望获得个性化的实验方案设计，欢迎随时联系百泰派克生物科技技术顾问。我们期待为您的科研项目提供专业、高效的支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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